A természetvédők (laikus és szakértő önkéntesek, kutatók, állami alkalmazottak stb.) tevékenysége egyre szorosabban összefonódik, ezért a természetvédelmi igazgatás kiemelten kezeli az együttműködéseket a hazai tudományos és társadalmi szervezetekkel. A szakmai háttérbázissal is rendelkező, természetvédelmi célú társadalmi szervezetekkel való partneri kapcsolat fenntartása, valamint a közösen szervezett, közvetlen eszmecserét szolgáló fórumok és a célzott egyeztetések nélkülözhetetlenek. A természetvédelmi céllal alakult társadalmi szervezetek, szakmai csoportok – a természeti értékek bemutatásán, ismeretterjesztő programjaikon keresztül – szintén jelentős szerepet játszanak a természeti értékek megőrzésében és környezeti nevelésben.

Az Agrárminisztérium 2024. májusa óta Stratégiai Partnerségi Megállapodások, illetve Együttműködési Megállapodások keretei között működik együtt a következő szervezetekkel:

• Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület
• WWF Világ Természeti Alap Magyarország Alapítvány
• Magyar Természetvédők Szövetsége
• Magyar Természetjáró Szövetség
• Varázslatos Magyarország Természetfotó Nonprofit Kft
• Magyar Arborétumok és Botanikus Kertek Szövetsége
• Magyar Cserkészszövetség
• Magyar Kertörökség Alapítvány
• Magyar Természettudományi Múzeum
• Magyar Barlangi Mentőszolgálat
• Pécsi Tudományegyetem, Virológiai Nemzeti Laboratórium