Természetvédelmi hatóságok feladata a természeti értékekkel, és területekkel kapcsolatos hatósági eljárások lefolytatása.

Főszabály szerint a területi (azaz megyei) természetvédelmi hatóság jár el minden természetvédelmi ügyben, kivéve azokat, melyeket a környezetvédelmi és természetvédelmi hatósági és igazgatási feladatokat ellátó szervek kijelöléséről szóló 71/2015. (III. 30.) Korm. rendelet 15. §-a az országos természetvédelmi hatóság hatáskörébe sorol a többségében a természet védelméről szóló 1996. évi LIII. törvényben meghatározott feladatokból.

Az országos természetvédelmi hatóság jár el (országos illetékességgel rendelkező természetvédelmi hatóságként), ha a természetvédelmi hatósági engedély megszerzése iránti kérelem az ország egész területére vagy több területi természetvédelmi hatóság illetékességi területére irányul.