A Rendelet 12. cikke az erdei ökoszisztémák helyreállítására vonatkozóan határoz meg célkitűzéseket – kiegészítve azokat a célokat, amelyek már más cikkekben szerepelnek, például a közösségi jelentőségű erdei élőhelyek és fajok, illetve az erdőkhöz kötődő beporzó rovarok állományainak megőrzése tekintetében.

Az erdei ökoszisztémák javítását célzó tagállami intézkedések hatásainak nyomon követése érdekében a Rendelet az alábbi mutatók alkalmazását írja elő:

• álló holtfa mennyisége,
• fekvő holtfa mennyisége,
• vegyes korszerkezetű erdők aránya,
• megkötött szerves szén mennyisége,
• erdős területek összekapcsoltsága,
• őshonos fajok által dominált erdők aránya,
• erdők fafaj-diverzitása,
• erdei madárfajok állományindexe.

A Rendelet nem határoz meg pontos célértékeket ezekre a mutatókra, de kimondja: 2030-ig meg kell állítani a kedvezőtlen irányú változásokat, utána pedig folyamatos javulást kell elérni, amíg a 2030-ig megállapítandó tagállami célérték nem teljesül.

Mindemellett a Rendelet 13. cikke arról is rendelkezik, hogy a tagállamoknak ki kell választaniuk és mérniük kell azokat az intézkedéseket, amelyek hozzájárulnak az EU vállalásához, hogy 2030-ig 3 milliárd új fát ültessenek el Európa-szerte.