A Rendelet nemcsak a természetes élőhelyek és a beporzó rovarok védelmére fogalmaz meg célokat, hanem külön figyelmet fordít a mezőgazdasági ökoszisztémákra is. Az agrártájakkal a Rendelet 11. cikke foglalkozik.

A Rendelet értelmében a tagállamoknak olyan intézkedéseket kell bevezetniük, amelyek hatását néhány kulcsfontosságú mutatóval lehet nyomon követni. Ezek a következők:

• a gyepterületek lepkefajainak állományindexe,
• a talaj szervesanyag-tartalma,
• a magas diverzitású táji elemekkel rendelkező mezőgazdasági területek aránya,
• valamint mezőgazdasági madarak populációindexe.

Az első három mutató esetében nincs pontosan meghatározott célérték, de a szabályozás előírja, hogy 2030-ig meg kell állítani a romló tendenciákat, majd utána fokozatos javulást kell elérni egészen addig, amíg az ország saját, 2030-ig megállapítandó célértékeit el nem éri.

A mezőgazdasági madarak populációindexét tekintve viszont konkrét cél van: 2030-ig 10%-os növekedést kell elérni a Rendelet hatályba lépése utáni 12. hónaptól számítva. Ezután további 10-10%-os növekedést kell biztosítani 2040-ig és 2050-ig. Az index növeléséhez a  KAP 2021-2027-es nemzeti stratégiai tervben szereplő biodiverzitás-védelmi intézkedések is hozzájárulhatnak.

A Rendelet előírja azt is, hogy a mezőgazdaságilag hasznosított tőzeges területek egy részét helyre kell állítani: 2030-ig ezek 30%-át, 2040-ig 40%-át, 2050-ig pedig 50%-át. E területek egy részét (2030-ig legalább egyharmadát, majd 2040-ig és 2050-ig 25-25%-át) azok újbóli elárasztásával, vízpótlásával kell helyreállítani.