A Rendelet 9. cikke előírja, hogy 2030-ig minden uniós tagállamnak fel kell mérnie azokat a műtárgyakat, amelyek akadályozzák a felszíni víztestek – például folyók és patakok – hosszirányú, oldalirányú és vertikális átjárhatóságát.

Első lépésként egy országos adatbázist kell készíteni ezekről a műtárgyakról. Ezután – figyelembe véve a társadalmi és gazdasági szempontokat, valamint előnyben részesítve a már használaton kívüli létesítményeket – meg kell határozni, melyeket lehet elbontani vagy átalakítani az átjárhatóság érdekében. Emellett ki kell dolgozni egy menetrendet is az átalakítási és bontási munkák elvégzésére.

Ezek az intézkedések hozzá fognak járulni az EU céljához, amely szerint 25 000 kilométer hosszú vízfolyást kell ismét szabad folyásúvá alakítani. Hogy egy ország ehhez pontosan mennyiben járul hozzá, azt a tervezés során, valamint a későbbi jelentésekben kell meghatározni.

A folyók átjárhatóságának javítása mellett fontos az árterek természetes működésének helyreállítása is. Ehhez meg kell jelölni azokat a területeket, ahol ilyen intézkedéseket lehet végrehajtani. Ebben más rendeleti célkitűzések is segíthetnek – például a 4. cikkben előírt természetvédelmi intézkedések a közösségi jelentőségű fajok és élőhelyek megőrzésére.