A Biológiai Sokféleség Egyezményben vállalt kötelezettségek teljesítésére a biológusok és természetvédelmi szakemberek összefogtak, hogy feltárják a hazai élővilág sokfélesége csökkenésének okait. Munkájuk alapján a Magyar Tudományos Akadémia biodiverzitás-megőrzési stratégiát dolgozott ki. A dokumentum kijelölte a növény- és állatvilág megőrzésének megvalósítható feladatait, emellett hangsúlyozta a biodiverzitás folyamatos, országos megfigyelésének jelentőségét.

A Magyar Tudományos Akadémia Ökológiai és Botanikai Kutatóintézete kidolgozta a biodiverzitás-monitorozó tevékenység elméleti alapjait, a Magyar Természettudományi Múzeum kutatói összegyűjtötték a monitorozás hazai előzményeit. A Nemzeti Biodiverzitás-monitorozó Program kialakítását a Környezetvédelmi és Területfejlesztési Minisztérium Természetvédelmi Hivatala kezdeményezte és szervezte. A nagyszabású feladat elvégzéséhez a PHARE jelentős anyagi támogatást nyújtott. Ez a biodiverzitás-megőrzési stratégia szellemében kialakított program olyan egységes, országos megfigyelési rendszer kialakítását teszi lehetővé, amely más országok számára is példa értékű. A projekt alapján nemzetközi szinten is egyedülálló kézikönyvsorozat született.

A NBmR kialakítása

Már a program tervezése során bebizonyosodott, hogy a feladatokat sem a biológus kutatók, sem a természetvédelem hivatásos apparátusa nem képesek vállalni, külön szervezet létrehozására volt szükség. A program ajánlásai alapján a rendszer és a Szolgálat kiépítése 1997-ben kezdődött meg, azóta egyre több komponens monitorozása valósul meg. 2005-ben Az NBmR szervezete országosan 12 szakembert foglalkoztatott.