Az 1979-ben kijelölt Aggteleki Bioszféra-rezervátum területe (45311 ha) nagy részben átfed az Aggteleki Nemzeti Park területével. Elsősorban különleges geológiai és faunisztikai értékeket megőrző barlangrendszerei, illetve karsztterületeinek egyedülálló és rendkívül fajgazdag élővilága, az ország több endemikus fajának előfordulása indokolta kijelölését. Az Aggteleki Nemzeti Park és Bioszféra-rezervátum csodálatos élővilágával, varázslatos tájaival és barlangjaival látogatók ezreit csábítja évről évre. Területe a Gömör-Tornai-karszt hegyvonulatának legdélebbi nyúlványa, mely szerves egységet alkot a szlovákiai Szlovák-karszt Nemzeti Parkkal. A déli lejtők, a Kárpátok közelsége, a kopár karsztfelszínek vagy a szűk szurdokvölgyek megannyi élőhelyet jelentenek, így rendkívül nagy az élővilág változatossága.

A geológiai értékek legreprezentánsabb képviselői a barlangok, melyekből a nemzeti park területén közel 270-et tartanak nyilván. Cseppkőképződményei alapján a legnevezetesebb a Baradla-Domica-barlangrendszer, amely 25 km-es hosszúságával a mérsékelt égöv egyik leghosszabb idegenforgalmi hasznosítású cseppkőbarlangja. A barlangok kiegyenlített hőmérséklete, a magas páratartalom és az állandó sötétség különleges feltételeket támaszt a barlangokban élő állat- és növényfajok számára. A kutatások eredményeként több mint 500 állatfajt sikerült eddig kimutatni az Aggteleki-karszt barlangjaiból, melyek jelentős része gerinctelen.

  A valódi barlanglakó állatok nagymértékben alkalmazkodtak a barlangi körülményekhez, szemük csökevényes és kültakarójuk is színtelen. Különösen értékesek a barlangrendszer bennszülött (endemikus) fajai, melyek közül nevezetes a magyar vakfutrinka (Duvalius hungaricus), a szemcsés vakászka (Mesoniscus graniger) és az aggteleki vakbolharák (Niphargus aggtelekiensis). A denevérek különleges értékeit jelentik a karszt barlangjainak, így hatékony védelmük a legsürgetőbb feladatok közé tartozik. A hajdani nagy telelőállományoknak ma már csak a töredékeit találjuk, de szerencsére még nagy számban fordulnak elő a kis és nagy patkósdenevérek (Rhinolophus hipposideros, Rhinolophus ferrumequinum). A földrajzi elhelyezkedés és a felszín változatossága sajátos éghajlati viszonyokat eredményez, így több területen a növény- és állatvilág legfontosabb vonása a peremhelyzet és az átmeneti jelleg. A változatos felszíni formáknak köszönhető mikroklimatikus különbségek teszik lehetővé, hogy egymás szomszédságában találnak megfelelő élőhelyet eltérő igényű állat- és növényfajok. Az északi oldalakon, töbrökben gyakran kárpáti elterjedésű fajokat találunk, míg a déli kitettségű oldalakon melegkedvelő fajok tenyésznek. A kialakult nagy változatosság és térbeli mozaikosság viszont nem csupán a karsztos felszínnek, hanem az évszázados hagyományos művelésnek is köszönhető. Az Aggteleki-karszton a fátlan, talajtakaróval alig fedett, nagy kiterjedésű sziklakibúvásos hegyoldalak, karrmezők a legszembetűnőbbek. A terület képéhez ugyanúgy hozzátartoznak ezek a száraz, köves, minden nedvességet elnyelő, jellegzetes karsztnövényzettel fedett meredek oldalak, mint a kiterjedt erdőségek, a fennsíkok kaszálói és a vízfolyások mellett egész éven át üde, virágos rétek. A mediterrán hangulatot idéző meredek déli hegyoldalakon a csekély talajborítottság miatt sosem alakulhatott ki igazán zárt erdő. A növényzet hézagosan, foltokban borítja a felszínt, a hófehéren kibukkanó kövek felületét színes mozaikot alkotó zuzmó-együttes foltjai tarkítják. A repedésekben sajátos sziklahasadék-növényzet telepszik meg, melynek fő alkotói a kövi- és az aranyos fodorka (Asplenium ruta-muraria, Asplenium trichomanes), a sárga kövirózsa (Jovibarba hirta), a prémes gyöngyperje (Melica ciliata) és a fehér varjúháj (Sedum album). Ezeken az élőhelyeken találjuk az igen megritkult kövirigót (Monticola saxatilis), illetve a karszt területén még nagy számban költő bajszos sármányt (Emberiza cia). A gyorsan felmelegedő felszínen igen jól érzik magukat a különböző hüllőfajok, így a zöld (Lacerta viridis) és fürge gyík (Lacerta agilis), vagy akár a jelentős természetvédelmi értéket képviselő pannon gyík (Ablepharus kitaibeli) is. A fehéres csüdfű (Astragalus vesicarius) a sziklagyepek és sziklásabb talajú lejtősztyeppek ritka védett növénye, amely még szép számban tenyészik. Sziklagyepjeink számos más védett fajnak is otthont adnak. Az Aggteleki Nemzeti Park két ritka, az érdeslevelűek családjába tartozó vértővel is büszkélkedhet. Ezek közül a tornai vértő (Onosma tornense) kizárólag a karszt néhány pontján fordul elő az országhatár mindkét oldalán egyaránt. Állományait napjainkban sajnos a kopárfásítások idején betelepített feketefenyő (Pinus nigra) és a bálványfa (Ailanthus altissima) terjedése veszélyezteti. Másik nagy növényritkaság az osztrák sárkányfű (Dracocephalum austriacum), amely az országban ma már csak az Aggteleki-karszt sziklagyepjeiben maradt fenn. Az utolsó eljegesedés utáni sztyepp-klímájú időszakok értékes maradványfaja. A nemzeti park jelentős részén gyertyános- és cseres-tölgyeseket, míg a déli kitettségű, lankásabb hegyoldalakon és fennsíki helyzetben meleg, száraz, sekély termőrétegű részeken ligetes erdőket, úgynevezett melegkedvelő tölgyeseket találunk. Melegkedvelő tölgyeseinkben általános az azúrkék virágú erdei gyöngyköles (Lithospermum purpureo-coeruleum), ritkább a tarka nőszirom (Iris variegata) és a bíboros kosbor (Orchis purpurea). Ezekben az erdőkben él ritka kígyászölyv (Circaetus gallicus), illetve a gyakoribb darázsölyv (Pernis apivorus). Meredekebb, sziklás, délies kitettségű oldalakat és letöréseket a sajmeggyes-molyhos tölgyes karsztbokorerdő sziklagyeppel és sztyepprét-foltokkal váltakozó mozaikja fedi. A szélsőséges termőhelyi viszonyokhoz alkalmazkodott a növényzet ezen a különleges élőhelyen. Igen gazdag a lejtősztyepp-rétek élővilága, igen jelentősek például az egyenesszárnyúak és a lepkék. Külön érdemes megemlíteni hazánk legnagyobb egyenesszárnyúját, a fűrészlábú szöcskét (Saga pedo) vagy az imádkozó sáskát (Mantis religiosa). Jellemzőek a szemeslepkék, gyakori a tavaszi szerecsenlepke (Erebia medusa) és a sakktábla-lepke (Melanargia galathea) is. A tavasz legelső virága ezeken a gyepeken a leánykökörcsin (Pulsatilla grandis). Az orchideák közül az agárkosbor (Orchis morio) nagy példányszámban fordul elő, a bíboros (Orchis purpurea) és sömörös kosborra (Orchis ustulata), valamint a vitézvirágra (Anacamptis pyramidalis) már ritkábban találhatunk rá.

A Kárpátok közelsége miatt több magasabb hegyvidékekre jellemző fajjal is találkozhatunk az Aggteleki-karszton. Itt él például a kárpáti bennszülött ikrás fogasír (Dentaria glandulosa), az állatok közül pedig érdekes hegyvidéki fajok a kárpáti kék meztelencsiga (Bielzia coerulans) a zempléni futrinka (Carabus zawadskyi) vagy a fehérhátú fakopáncs (Dendrocopus leucotos). Kora tavasszal több helyről hallani az urali bagoly (Strix uralensis) jellegzetes hangját, melynek már stabil állománya van a területen. A háborítatlan részeken megtelepedett a hiúz (Lynx lynx), és alkalmanként, a szlovákiai erdőkből átkóborolva a farkas (Canis lupus) is előfordul. Különleges élőhelyi adottságaik miatt külön említést érdemelnek a karsztforrások. Több helyen megfigyelhetjük a kövekre tapadó, néhány milliméteres, védett kárpáti forráscsigát (Sadleriana pannonica), mely csak a rendkívül tiszta vizekben fordul elő. Madarak közül a hegyi billegető (Motacilla cinerea) és a mára nagyon megritkult vízi rigó (Cinclus cinclus) él itt. Aggtelektől délre az ún. „fedett karsztot” találjuk, ahol a meszes alapkőzetet elfedő kavicsos takarón kialakuló savanyú talajon a nyugat-európai csarabos fenyérekhez sokban hasonlító növényzet él, melynek fő növénye a csarab (Calluna vulgaris). A fedett karszt mélyebben fekvő, magasabb talajvizű részein gazdag láprétekkel találkozhatunk. Jellemzően előforduló fajok a füles fűz (Salix aurita), kékperje (Molinia coerulea), szibériai nőszirom (Iris sibirica), és a kornistárnics (Gentiana pneumonanthe).

Az Aggteleki Bioszféra-rezervátum kezelési terve: